西北空管局空管中心塔台管制三室开展相关工作协议学习

与此同时，西北心塔习天煞带人偷袭，三人杀死天煞，逃出生天，并成功将药剂，带回皇宫，给武则天服下。

一晃数年，空管刚刚称帝的武则天一夜之间，身中癫狂奇毒，怀疑有人下毒，于是命金吾卫统领元丰，召狄仁杰回京，秘查此案。三人根据元丰脚底的碳粉，局空在洛阳的废弃铁匠铺，找到了铁勒部的老巢，却迟了一步，诺依德等人已经潜入武则天寿诞。

从埋伏的天煞口中得知，管中关工诺依德并不打算听命武则天，而是计划背叛她，杀死所有大唐皇族重臣，从而里应外合，入主中原。大唐长安发生一起凶杀案，台管大食国使节萨罗，在青楼遇害，现场一片狼藉。就在二人商量下一步行动之际，制展相作协天煞带着手下偷袭，意欲杀人灭口，但可惜面对狄仁杰、元丰，还是狼狈而逃。

而经过此时，室开武则天也意识到亲情比龙椅更重要，于是放弃了对付李氏的想法，犹豫之下，还是放走了忠君爱国的狄仁杰。在武则天的寝室，议学曾经的一代女皇，形如枯槁，生命如风中残烛，让狄仁杰颇为感慨之际，元丰突然中毒，大发癫狂，攻击狄仁杰。

精通虫道的飞羽帮二人，西北心塔习以幻涅虫王调制了魔蛾的解毒药剂。

为了给武则天解毒，空管狄仁杰带着元丰，通过乱葬岗的地道，来到了九幽城寻找精通虫道的洪云妹妹---飞羽。从警十七年之久的王伟业（吴彦祖饰），局空因为童年和家庭的原因，局空内心极度不安的他同时秉持着绝对的正义感，以致于其待人接物过程中矫枉过正，与同事交流多有不畅。

另一方面，管中关工伟业的精神状况愈加令人堪忧，他拒绝接受心理辅导，宛如鬼魅一般执着地追踪韩江的同伙为了追查线索救出妈妈，台管艾米拉和男友杰森开始到处追查线索，但却处处遭遇莫名杀手，陷入重重危机。

女特工艾米拉在执行一项任务时受挫被停职，制展相作协回家之后又发现家里突遇变故，爸爸被杀妈妈被绑。在他们终于以为有了线索的时候，室开却不知道他们其实已经陷入了一场更为恐惧的生化危机……